- Lors du match retour de barrage entre la France et la République d'Irlande, le capitaine français Thierry Henry, sans être vu par l'arbitre, pendant les prolongations a touché de la main le ballon dans la phase de jeu qui a mené à l'égalisation de l'équipe de France. Cette égalisation a permis la qualification pour la phase finale face à l'Irlande sans passer par l'épreuve des tirs aux buts vers laquelle la rencontre se dirigeait. L'incident a provoqué un large débat sur le Fair Play. L'Association d'Irlande de football (FAI) a demandé une relecture sur des motifs d'équité, mais cela a été refusé par la FIFA en vertu des lois du jeu, et a demandé par la suite que l'Irlande soit inscrite en tant que nouvel arrivant sans précédent, comme 33e participant à la Coupe du monde, la demande a été ensuite retirée par le FAI, et rejeté par la FIFA comme étant périphérique aux autres pétitions plus substantielle pour le changement dans le football mondial.
- Le Costa Rica s'est également plaint du but vainqueur de l'Uruguay au match barrage AmSud-AmNord.
- Durant la rencontre comptant comme 6e et dernière journée de 3e tour des phases éliminatoires en Afrique, et le celle comptant comme match d'appui, Égypte-Algérie, plusieurs incidents avec le bus de l'équipe algérienne qui a été caillassé à l'arrivée des joueurs au Caire, et les supporters égyptiens prétentent que les algériens leur ont tendu une embuscade à Khartoum. Les médias des deux pays ont en fait une affaire d'état, et les rapports diplomatiques entre les deux pays ont été gravement touchés.
- Le 2 décembre, la FIFA a convoqué une réunion générale extraordinaire du Comité exécutif. L'épisode Égypte-Algérie a été attribué à un sous-comité pour complément d'enquête. La FIFA a annoncé qu'ils mettraient en place une enquête sur la technologie et de fonctionnaires supplémentaires dans le jeu, mais ils n'ont pas annoncé une décision largement attendue de l'introduction accélérée des arbitres de ligne de but, étant déjà expérimentée dans l'Europa League.. Sur la question de fair play, le président de la FIFA Sepp Blatter, a déclaré:
“Je lance un appel à tous les joueurs et les entraîneurs à observer ce fair-play. En 2010, nous voulons prouver que le football est plus que taper juste une balle, mais a une valeur sociale et culturelle ... Donc, nous demandons aux joueurs s'il vous plaît de respecter le fair-play pour qu'ils soient un exemple pour le reste du monde’’
